臭氧杀菌的二次效应就是除臭效果。其原理是藉由氧化分解的原理，与臭氧杀菌的原理相同。由氧原子(O)与异味的结合，并且释放出氧气，除了能去除异味之外，更能使空气中的氧分子纯度提高。

   日常生活中总有些“刺鼻的臭味”如：腐败的鱼臭味、水沟臭味、排泄物的臭味、汗味、烟味、厕所及宠物散发之异味等等。就可利用臭氧发生器迅速而彻底的消除空气中、水中的各种异味。